食用菌和其它植物一樣，在生長發(fā)育過程中，當(dāng)生態(tài)環(huán)境條件不能滿足其所需的最低要求時(shí)，就會(huì)發(fā)生代謝性的障礙而使菇類畸變，這屬于生理性病害。在菌絲體階段表現(xiàn)為菌絲萎縮或徒長，在子實(shí)體階段則表現(xiàn)畸形。
1、菌絲徒長。主要發(fā)生在磨菇栽培中的覆土層，絨毛菌絲持續(xù)不斷的往細(xì)土表面生長，菌絲徒長嚴(yán)重時(shí)，甚至濃密成團(tuán)，結(jié)成菌皮，推遲出菇，并且由于消耗養(yǎng)分過多而降低產(chǎn)量。
出現(xiàn)菌絲徒長，應(yīng)加強(qiáng)通風(fēng)，降低二氧化碳濃度和空氣相對濕度，并且降低菇房的溫度，抑制菌絲生長，促進(jìn)菇蕾形成。如果土面或栽培塊表面已結(jié)成菌塊，必須用刀將菌塊劃破，噴重水，大通風(fēng)，仍可形成子實(shí)體。
2、菌絲萎縮。蘑菇栽培中，有時(shí)在發(fā)菌或出菇階段出現(xiàn)菌絲發(fā)黃、發(fā)黑、萎縮甚至死亡的現(xiàn)象。產(chǎn)生的原因：①料害：多出現(xiàn)在播種之后3一5天。建堆時(shí)化肥添加過遲，培養(yǎng)料含氨量過高導(dǎo)致"氨中毒"而死亡。堆料配制時(shí) c/n不適,發(fā)酵時(shí)間過長，培養(yǎng)料過于腐熟，產(chǎn)生酸化，則會(huì)造成培養(yǎng)料內(nèi)菌絲萎縮成細(xì)線狀。②水害：覆土層噴水過急，水分滲漏入料層，造成培養(yǎng)料過濕而缺氧，致使菌萎縮。③氣害：高溫濕條件下，菌絲新陳代謝加快，造成二氧化碳濃度過高，菌絲易發(fā)黃死亡。
3、死菇現(xiàn)象。在出菇期間，幼小的菇蕾或小的子實(shí)體，在無病蟲害的情況下，發(fā)生變黃萎縮，停止生長甚至死亡的現(xiàn)象，主要原因：①氣溫過高或過低，不適合子實(shí)體生長發(fā)育。②噴水重，菇房通風(fēng)不良，加上氣溫高，空氣濕度大，氧氣供應(yīng)不足，二氧化碳積累過多，造成菇蕾或小菇悶死。③出菇過密，在生長過程中，部分菇蕾因得不到營養(yǎng)而死亡或因采菇時(shí)受到震動(dòng)、損傷，也會(huì)使小菇死亡。④噴藥次數(shù)過多、用藥過量，會(huì)使基原滲透壓升高或菇體中毒，從而發(fā)生藥害而死菇。
