雙孢菇培養(yǎng)料在發(fā)酵過程中，由于措施不當，所屬條件得不到滿足時，往往容易產(chǎn)生下列問題：
(1) 厭氧發(fā)酵堆溫不高
糞多、草少，料堆壓得過緊，造成透氣不良，厭氧發(fā)酵堆溫不高。要及時采取措施，提早翻堆，將培養(yǎng)料拌松，縮小料堆，增加通氣性，以提高堆溫。
(2)水分太少
草多、糞少，堆得太松，垛太小，經(jīng)風吹日曬，料內(nèi)水分蒸發(fā)，糞草過干，微生物活動困難，堆溫不高。在這種情況下，也應提早翻堆，將料堆適當放寬，適當拍緊，加足水分，以利于升高堆溫。
(3)培養(yǎng)料發(fā)黑、發(fā)黏、發(fā)臭或發(fā)酸
翻堆時發(fā)現(xiàn)部分培養(yǎng)料發(fā)黑、發(fā)黏、發(fā)臭或發(fā)酸，這主要是由于培養(yǎng)料內(nèi)水分過多，造成厭氧發(fā)酵的結果。在翻堆時將中間黑、黏、臭、酸的培養(yǎng)料翻到外面，將料抖松，散發(fā)水分，在料堆內(nèi)打洞，增加透氣性。
(4)放線菌容易大量繁殖
料堆內(nèi)產(chǎn)生白色粉末狀物質，在高溫、干燥的情況下，耐高溫的放線菌容易大量繁殖、生長，消耗培養(yǎng)料的養(yǎng)分。發(fā)現(xiàn)有白色粉末狀物質的部位，必須澆足水分，防止高溫區(qū)過干。
(5)料堆內(nèi)草腐爛，糞塊生，有氨氣
產(chǎn)生這種情況的原因，主要是培養(yǎng)料前期堆溫不高，又沒有及時采取適當措施，使培養(yǎng)料不是腐熟而是腐爛，需及時翻堆，提高堆溫。
(6)后發(fā)酵結束培養(yǎng)料過干
主要原因是前發(fā)酵結束后，培養(yǎng)料含水量未適當提高，后發(fā)酵期間又未能采取保濕措施。播種前雖又補水，但易引起雜菌的感染，此時可用消毒液、多菌靈溶液調(diào)節(jié)水分，既補充了水分，又可防止雜菌的發(fā)生。
(7)鬼傘
鬼傘孢子大量存在于糞堆和霉變的稻草、麥稈上，在高溫、高濕和堿性環(huán)境特別是培養(yǎng)基有較多氨氣存在時極易發(fā)生。
鬼傘在子實體發(fā)生前，菌床上沒有明顯的特征。一旦子實體形成，則可看到許多灰白色或黑色的小型傘菌，散生或簇生。
防止鬼傘發(fā)生應從培養(yǎng)料堆制入手，將畜糞、稻草、麥稈曬干，特別是已霉變的麥稈應曬干，殺死鬼傘孢子。選用適當?shù)呐囵B(yǎng)基組成，防止高氮含量。
室外前發(fā)酵時若發(fā)現(xiàn)料堆周圍有鬼傘，將其翻入堆中心，讓高溫殺死菌絲和孢子。室內(nèi)后發(fā)酵時溫度應逐漸上升，并適當通風換氣，供應充足的氧氣，以免產(chǎn)生厭氣發(fā)酵，使料內(nèi)氨氣充分散發(fā)，提早覆土能抑制鬼傘的生長。
