可以說，所有已知的生態(tài)學原理，包括相生相克作用，都可以直接或間接地應用于農業(yè)生產(chǎn)，但最基本的原則有以下三條：
第一，生態(tài)農業(yè)是個整體，它包括種植業(yè)、畜牧業(yè)、水產(chǎn)業(yè)、林果業(yè)及加工業(yè)，它們相互配合，相互協(xié)調，按一定的次序組成一個整體，即形成一個復雜的生產(chǎn)體系，而每一個單項則是這個生產(chǎn)體系的一部分。
第二，物質的正常代謝是維持農業(yè)系統(tǒng)穩(wěn)定的基礎。農業(yè)生產(chǎn)中經(jīng)濟效益和生態(tài)效益的大小，物質、能量轉化效率的高低是決定因素，只有了充分熟悉并掌握了種植、放養(yǎng)、施肥等時間因素，并科學地安排農業(yè)生產(chǎn)結構和多層利用，使物質循環(huán)和能量流動正常進行，才能實現(xiàn)生物資源再生和生態(tài)環(huán)境的良性循環(huán)。
第三，只有保持系統(tǒng)輸入和輸出的平衡，才能維持正常代謝的進行。生物的生長發(fā)育與繁殖需要不斷從它的周圍環(huán)境中吸取它所必須的物質，不停地影響著環(huán)境。而受生物影響的環(huán)境，特別是土地環(huán)境，又反過來作用于生物。所以，要使生物的生活環(huán)境經(jīng)常滿足生物的生活要求，必須適時補充環(huán)境所失去的物質，維持整個系統(tǒng)的活力。
以上三個原理概括起來。就是(1)系統(tǒng)各種成分相互協(xié)調與補克的整體原則。
(2)物質循環(huán)不息的再生原則’(3)物質輸入與輸出的動態(tài)平衡原則。從而可以看出，生態(tài)農業(yè)是以整體效益為目標，通過技術組配的生產(chǎn)鏈，充分發(fā)揮生物與環(huán)境生產(chǎn)潛力的協(xié)調發(fā)展農業(yè)，即生態(tài)工程系統(tǒng)在農業(yè)生產(chǎn)上的應用。
