根據(jù)發(fā)揮的作用不同，人為地把養(yǎng)雞發(fā)酵床墊料大致分為三層：
上層為保護(hù)層，約5厘米厚。由于其暴露在最外層，溫度較低，發(fā)酵功能較弱，但起到保溫和保護(hù)作用，使中部發(fā)酵層保持穩(wěn)定的、溫度較高的發(fā)酵環(huán)境；
中間為發(fā)酵層，溫度和環(huán)境比較穩(wěn)定、是主要的發(fā)酵區(qū)。
下部為緩沖層，發(fā)酵能力也較弱，主要起保護(hù)中間發(fā)酵層溫度和內(nèi)部發(fā)酵環(huán)境穩(wěn)定、承數(shù)過量的水分等作用。
由于熱量通過傳導(dǎo)、輻射、對(duì)流和水分蒸發(fā)吸熱等途徑的散失，墊料表面的溫度始終接近雞舍空氣溫度。因而發(fā)酵作用主要集中在中間層，越往下接近中間核心層，溫度越升高，一般達(dá)到40—50℃，
再往下溫度逐漸下降。養(yǎng)豬發(fā)酵床局部墊料喬發(fā)酵活動(dòng)旺盛時(shí)甚至達(dá)到60—70℃，過高的溫度會(huì)對(duì)功能菌群自身的活力產(chǎn)生抑制。不過墊料不斷翻動(dòng)會(huì)給經(jīng)過高溫的墊料補(bǔ)充菌種。
沒有糞尿的地方，干燥的墊料不發(fā)酵，當(dāng)然就不產(chǎn)生效量，墊料保持地表溫度。
